와카토비 국립공원은 인도네시아의 국립공원 중 하나입니다. 술라웨시 남동부의 와카토비 리젠시(Wakatobi Regency)에 위치해 있습니다. 이 국립공원은 삼림부령 제7661/Kpts-II/2002호에 따라 2002년 8월 19일에 설립되었습니다. 사용된 토지는 139만 헥타르입니다. 이전에 이 국립공원은 임업부 장관령 번호 393/Kpts-V/1996에 의해 설립되었습니다. 와카토비 국립공원은 600km에 걸쳐 25개의 산호초 무리로 구성되어 있습니다. 와카토비는 왕이왕이섬(Wangi-wangi Island), 칼레두파섬(Kaledupa Island), 토미아섬(Tomia Island), 비농코섬(Binongko Island) 등 4개의 주요 섬 이름의 약자입니다. 바닷물은 평평한 것, 바다 쪽으로 경사진 것, 가장자리가 가파른 것 등 다양합니다. 수심은 가장 깊은 곳이 1,044m로 다양합니다. 바다 표면은 모래와 바위입니다. 이 국립공원에는 13과 112종의 산호가 있습니다. 또한 93종의 관상어와 여러 종류의 거북이가 있습니다. 갈색바위거위, 말레이 물떼새, 아시아 왕새우와 같은 여러 종류의 바닷새도 있습니다. 와카토비 국립공원은 북쪽과 동쪽으로 반다해와 접해 있습니다. 남쪽은 플로레스 해와 접하고 서쪽은 부톤 섬과 접한다.